MTs Negeri Samboja berdiri tahun 1982 di Kecamatan Samboja yang tadinya bernama MTs Swasta Samboja. Madrasah ini terletak dipinggiran pantai dan berada diposisi ujung timur Kabupaten Kutai Kartanegara. Sehingga untuk koordinasi ke Kabupaten/Kota harus menempuh jarak 100 km hingga 120km.
MTs Negeri Samboja dirintis Oleh:
1. Drs.H. Ahmad Ismail
2. Sahruji Hadits
3. Abdur Razak M
4. Sailan MS
5. Tokoh Agama dan Tokoh Masyarakat di Sungai Seluang Samboja
Ketika Madrasah telah siap beroperasi /berdiri, tugas Panitia Pendiri MTs Samboja belumlah selesai. Panitia harus menyiapkan gedung, murid dan saran-prasaran penunjang pendidikan.
Untuk pertama kali tidaklah mudah mencari siswa sekolah berbasis islam, panitia harus mencari siswa hingga puluhan kilometer, dengan penuh suka duka melalui liku-liku perjuangan yang tidak mulus, mungkin karena pertolonganNya serta tekat yang kuat disertai dengan do’a akhirnya siswa maupun sarana pendidikan dapat mengalir dengan sendirinya.
Sebelum dinegerikan (MTs Swasta Samboja)
Nama Kepala Sekolah
- Sahruji Hadis ( Kepala Madrasah Pertama )
- Slamet, BA ( Kepala Madrasah Kedua )
- Drs. Adjuri Zakaria ( Kepala Madrasah Ketiga )
- Drs. Narikin Kepala ( Madrasah Keempat )
Setelah Dinegerikan (MTs Negeri Samboja)
Nama Kepala Sekolah
- Drs. Hamsan Noor ( Lama Menjabat 18-03-1996 s.d 10-04-2000 )
- Drs. Ismail ( Lama Menjabat 20-04-2000 s.d 05-05-2004 )
- Drs.H. Hairuman MM ( Lama Menjabat 10-05-2004 s.d 01-01- 2010 )
- Drs. Kamarudin MM ( Lama Menjabat 10-01-2010 s.d Sekarang )
Singkat cerita hingga akhir tahun 2010 minat masyarakat untuk bersekolah di MTs Negeri Samboja tergolong tinggi, hal ini juga dapat memberi gambaran bahwa Perkembangan kesadaran penduduk akan pentingnya pendidikan berbasis agama semakin tinggi. Warga masyarakat yang bersekolah di MTs Negeri Samboja menyadari bahwa bersekolah di MTs Memiliki nilai lebih dibandingkan dengan sekolah umum. Disamping itu juga MTsN didukung sarana dan prasarana yang memadai serta lingkungan sekolah sehat dan asri dan kondusif . untuk prestasi gak usah ditanya deh…karena disetiap Event selalu mendapat predikat memuaskan.
